Postdoktor i genomisk analys av sill

Naturhistoriska riksmuseet är en statlig myndighet med regeringens uppdrag att främja kunskapen, forskningen och intresset för vår värld. Myndigheten är en framstående forskningsinstitution och Sveriges största museum. Museet har under mer än 200 år samlat in föremål och data och bedrivit forskning om livet på jorden. Samlingarna innehåller fler än 11 miljoner växter, djur, svampar, miljöprover, mineral och fossil. All forskning och kunskap delas i utställningarna, Cosmonova och i aktiviteter på museet och digitalt.

Enheten för populationsanalys och övervakning utför uppdrag åt ett flertal myndigheter och organisationer. Enheten består av flera arbetsgrupper som utför dels övervakning av marina och terrestra däggdjur och dels genomför ett stort antal genetiska analyser. Enheten bedriver forskning och övervakning av tumlare och säl på uppdrag av Havs och vattenmyndigheten och övervakning av björn, kungsörn och fjällräv på uppdrag av Naturvårdsverket. De genetiska analyserna utförs av Centrum för Genetisk identifiering (CGI) åt ett flertal olika aktörer inom natur- och miljövård och inbegriper en mängd olika frågeställningar.

Till enheten söker vi nu en postdoktor till arbete med analys av genomiska data från sill inom ett FORMAS-projektet.

ARBETSUPPGIFTER

Projektets huvuduppgift är att bearbeta och analysera ~100 genom från östersjövikaren (Pusa hispida) för att bedöma deras populationsstruktur, demografiska historia och anpassningsmönster. Baserat på dessa resultat kommer diagnostiska markörer att utvecklas och genotypas för ~400 vikare från Bottenvikens population. Simuleringar kommer också att användas för att bedöma de framtida effekterna av klimatförändringar och jaktmetoder på vikarbestånden.

Databehandling kommer att omfatta användning av bioinformatiska verktyg och pipelines som utvecklats för stora genomiska datamängder för att kartlägga rådata och sekvensvarianter, inklusive punktmutationer och strukturella varianter. Dataanalyser kommer att innefatta bedömning av populationsdifferentiering, kvantifiering av genflöde, rekonstruktion av tidigare populationshistoria, uppskattning av inavel och genetisk belastning och identifiering av möjliga adaptiva loci. Baserat på dessa resultat kommer den framgångsrika kandidaten att utveckla diagnostiska markörer för långsiktig genomisk övervakning av arten (dvs struktur, genflöde, uppskattning av populationsstorlek). Slutligen kommer projektet att använda artdistributionsmodellering (t.ex. Maxent) med hjälp av nuvarande och framtida miljövariabler och aktuella förekomstdata för att bedöma östersjövikarens framtida utbredning. Projektet kommer också att använda genombaserade simuleringar (t.ex. SLIM) för att undersöka genomiska respons på uppvärmning av haven och relaterade förändringar i miljöförhållanden. Kandidaten förväntas förbereda manuskript för publicering i internationella tidskrifter med stor genomslagskraft och presentera resultat vid nationella och/eller internationella konferenser. Eftersom detta projekt är finansierat av Naturvårdsverket (SEPA) kommer kandidaten och huvudutredaren (Dr. Nicolas Dussex) att delta i regelbundna möten med en referensgrupp från Naturvårdsverket och olika intressenter för att bedöma milstolpar och presentera projektets framsteg.

Projektet kommer också att involvera modern provtagning av vävnad från NRM:s miljöprovbank, DNA-extraktion och genotypning med hjälp av huvudutredare och medutredare. Historiska prover kan också hämtas från museets samlingar.

Den framgångsrika kandidaten kommer också att uppmuntras att utveckla sina egna forskningsidéer och att ansöka om egen finansiering (t.ex. Marie Curie, Vetenskapsrådet) för att bygga vidare på detta projekt eller sina egna projekt, med hjälp av huvudutredare.

KVALIFIKATIONER

Krav:

• Doktorsexamen i evolutionsbiologi, molekylär ekologi, genetik eller bioinformatik, avlagd inom de senaste tre åren.
• Erfarenhet av att bearbeta stora moderna datauppsättningar med hjälp av bioinformatiska pipelines
• Erfarenhet av att hantera hela genomdataset (WGS), populationsgenomanalyser (t.ex. PCA, selektionstester, inavel och genetisk belastningsuppskattning)
• Erfarenhet av statistiska analyser
• Goda kunskaper i engelska i både tal och skrift

Meriterande:

• Erfarenhet av artdistributionsmodellering (SDM) och genominformerade simuleringar (t.ex. SLiM)
• Erfarenhet av laboratoriearbete, inklusive DNA-extraktion
• Erfarenhet av beredning av sekvenseringsbibliotek från modernt och historiskt material
• Goda kunskaper i svenska eller annat skandinaviskt språk

För att lyckas i rollen planerar, organiserar och prioriterar du ditt arbete effektivt och bygger strukturer som andra också kan arbeta utifrån. Du anger och håller tidsramar. Du identifierar, hanterar och följer upp detaljer i arbetet och utför arbetsuppgifter på ett grundligt sätt. Du uppmärksammar andras synpunkter och kompetens på ett sätt som gynnar helheten. Du bidrar till att tydliggöra gruppens uppgifter på ett sätt som gynnar hela gruppen och utvecklar relationer. Du delar med dig av din kunskap.

För att ansöka, vänligen skicka in följande material:

1. ett personligt brev på en sida som beskriver ditt intresse för tjänsten
2. C.V. som beskriver dina färdigheter och expertis samt inkludera kontaktinformation för minst två referenser.

ÖVRIGT

Vårt mål är att genom forskning och publik verksamhet visa vägen till ökad kunskap och handlingskraft, för att vi tillsammans ska kunna bidra till en hållbar och ljus framtid. Vår långsiktiga strävan är att Naturhistoriska riksmuseets anställda ska spegla den mångfald som finns i Sverige. Vi välkomnar alla sökanden oavsett kön, bakgrund, ursprung och funktionsvariation.

Inför rekryteringsarbetet har vi tagit ställning till rekryteringskanaler och marknadsföring. Vi undanbeder oss därför kontakt med mediesäljare, rekryteringssajter och liknande.